Para crear un archivo web desplegable como aplicación web en un servidor, debes, utilizando la terminal de Windows (Inicio + Ejecutar + cmd) navegar hasta donde esté la carpeta raiz de tu aplicación (por ejemplo C:\servers\tomcat\webapps) y luego lanzar el siguiente comando:
jar cvf mifichero.war nombre_carpeta_aplicacion
en mi caso, por ejemplo la instrucción queda de la siguiente manera:
jar cvf liferay-portal.war ROOT
El archivo .war generado en la misma carpeta ya está disponible para desplegar en el servidor (pegándolo en la carpeta webapps del Tomcat y reiniciando, si usas Tomcat)
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